南京师范大学研究生院（官网：grad.njnu.edu.cn）在校研究生共11245人，其中学术型6502人，专业型4743人，博士研究生1323人，硕士研究生9922人，南京师范大学研究生教育起步于20世纪50年代，1978年，南京师范大学成为全国首批恢复招收研究生的高校之一。
1997年学校成立研究生处（党委研究生工作部），主要承担和组织全校学位与研究生教育工作。2003年，改建为研究生部（党委研究生工作委员会）。2011年，成立研究生院。截止到2019年3月，共授予博士学位3008名，硕士学位42116名。
南京师范大学研究生院目前拥有博士学位授权一级学科25个，博士学位授权二级学科专业（不含一级学科覆盖）1个，硕士学位授权一级学科40个，硕士学位授权二级学科专业（不含一级学科覆盖）2个，博士专业学位类别1个，硕士专业学位类别19个。学科已涉及除军事外12个门类。拥有国家“双一流”建设学科1个、国家重点学科6个、国家重点（培育）学科3个，江苏高校优势学科14个，江苏省一级学科重点学科13个。6个学科在全国第四轮学科评估中进入A类，7个学科跻身ESI全球前1%。
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